学校违反国家规定收取费用的，由县级人民政府教育行政部门（）所收费用。

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答案解析

《中华人民共和国义务教育法》第五十六条规定，学校违反国家规定收取费用的，由县级人民政府教育行政部门责令退还所收费用；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。故选A。

学校违反国家规定收取费用的，由县级人民政府教育行政部门（ ）所收费用。