如何使用两个不同的 y 轴绘图？

我想在 R 中叠加两个散点图，这样每组点都有自己的(不同的) y 轴(即，在图上的位置2和位置4) ，但是这些点看起来叠加在同一个图上。

有可能用 plot做到这一点吗？

编辑 显示问题的示例代码

# example code for SO question
y1 <- rnorm(10, 100, 20)
y2 <- rnorm(10, 1, 1)
x <- 1:10
# in this plot y2 is plotted on what is clearly an inappropriate scale
plot(y1 ~ x, ylim = c(-1, 150))
points(y2 ~ x, pch = 2)
245656 次浏览
小开

一个选择是制作两个并排的情节。 ggplot2为 facet_wrap()提供了一个不错的选择:

dat <- data.frame(x = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 2))
, y = c(rnorm(100), rlnorm(100, 9, 2))
, index = rep(1:2, each = 100)
)


require(ggplot2)
ggplot(dat, aes(x,y)) +
geom_point() +
facet_wrap(~ index, scales = "free_y")
小开

顾名思义，Plotrix包中的 twoord.plot()用两个坐标轴绘图。

library(plotrix)
example(twoord.plot)

enter image description here

enter image description here

enter image description here

enter image description here

enter image description here

小开
最佳答案

更新 : 在 http://rwiki.sciviews.org/doku.php?id=tips:graphics-base:2yaxes的 R wiki 上复制的材料，链接现在已经断开: 也可以从 http://rwiki.sciviews.org/doku.php? id = tips: images-base: 2yax”rel = “ noReferrer”> the wayback machine 获得

两个不同的 y 轴在同一张图上

(一些材料原作者 Daniel Rajdl 2006/03/3115:26)

请注意，在极少数情况下，适合在同一块地上使用两种不同的比例尺。很容易误导图形的观看者。检查以下两个例子和评论，这个问题(例子1，例子2从 垃圾图表) ，以及 本文作者: 斯蒂芬 · 莱斯特(其结论是“我当然不能得出结论，一劳永逸，图表与双尺度轴从来没有用处; 只是我不能想到一种情况，保证他们在其他，更好的解决方案还可以看到 这部动画片中的第4点..。

如果你决定了，基本的方法是创建你的第一个图形，设置 par(new=TRUE)防止 R 清除图形设备，用 axes=FALSE创建第二个图形(并设置 xlab和 ylab为空白-ann=FALSE也应该工作) ，然后用 axis(side=4)在右侧添加一个新的轴，用 mtext(...,side=4)在右侧添加一个轴标签。下面是一个使用一点虚构数据的例子:

set.seed(101)
x <- 1:10
y <- rnorm(10)
## second data set on a very different scale
z <- runif(10, min=1000, max=10000)
par(mar = c(5, 4, 4, 4) + 0.3)  # Leave space for z axis
plot(x, y) # first plot
par(new = TRUE)
plot(x, z, type = "l", axes = FALSE, bty = "n", xlab = "", ylab = "")
axis(side=4, at = pretty(range(z)))
mtext("z", side=4, line=3)

plotrix包中的 twoord.plot()自动完成这个过程，latticeExtra包中的 doubleYScale()也是如此。

另一个例子(改编自 Robert W. Baer 的 R 邮件列表) :

## set up some fake test data
time <- seq(0,72,12)
betagal.abs <- c(0.05,0.18,0.25,0.31,0.32,0.34,0.35)
cell.density <- c(0,1000,2000,3000,4000,5000,6000)


## add extra space to right margin of plot within frame
par(mar=c(5, 4, 4, 6) + 0.1)


## Plot first set of data and draw its axis
plot(time, betagal.abs, pch=16, axes=FALSE, ylim=c(0,1), xlab="", ylab="",
type="b",col="black", main="Mike's test data")
axis(2, ylim=c(0,1),col="black",las=1)  ## las=1 makes horizontal labels
mtext("Beta Gal Absorbance",side=2,line=2.5)
box()


## Allow a second plot on the same graph
par(new=TRUE)


## Plot the second plot and put axis scale on right
plot(time, cell.density, pch=15,  xlab="", ylab="", ylim=c(0,7000),
axes=FALSE, type="b", col="red")
## a little farther out (line=4) to make room for labels
mtext("Cell Density",side=4,col="red",line=4)
axis(4, ylim=c(0,7000), col="red",col.axis="red",las=1)


## Draw the time axis
axis(1,pretty(range(time),10))
mtext("Time (Hours)",side=1,col="black",line=2.5)


## Add Legend
legend("topleft",legend=c("Beta Gal","Cell Density"),
text.col=c("black","red"),pch=c(16,15),col=c("black","red"))

enter image description here

类似的配方可以用来叠加不同类型的图——柱状图、直方图等等。

小开

如果可以放弃刻度/轴标签，则可以将数据重新刻度为(0,1)间隔。这种方法适用于染色体上不同的“摆动”轨迹，当你通常对轨迹之间的局部相关性感兴趣并且它们有不同的尺度(覆盖范围以千计，第一个0-1)。

# rescale numeric vector into (0, 1) interval
# clip everything outside the range
rescale <- function(vec, lims=range(vec), clip=c(0, 1)) {
# find the coeficients of transforming linear equation
# that maps the lims range to (0, 1)
slope <- (1 - 0) / (lims[2] - lims[1])
intercept <- - slope * lims[1]


xformed <- slope * vec + intercept


# do the clipping
xformed[xformed < 0] <- clip[1]
xformed[xformed > 1] <- clip[2]


xformed
}

然后，有一个具有 chrom、 position、 coverage和 fst列的数据帧，您可以执行以下操作:

ggplot(d, aes(position)) +
geom_line(aes(y = rescale(fst))) +
geom_line(aes(y = rescale(coverage))) +
facet_wrap(~chrom)

这样做的好处是，你不限于两个轨道。

小开

我也建议，twoord.stackplot()在 plotrix包图中多用两个坐标轴。

data<-read.table(text=
"e0AL fxAL e0CO fxCO e0BR fxBR anos
51.8  5.9 50.6  6.8 51.0  6.2 1955
54.7  5.9 55.2  6.8 53.5  6.2 1960
57.1  6.0 57.9  6.8 55.9  6.2 1965
59.1  5.6 60.1  6.2 57.9  5.4 1970
61.2  5.1 61.8  5.0 59.8  4.7 1975
63.4  4.5 64.0  4.3 61.8  4.3 1980
65.4  3.9 66.9  3.7 63.5  3.8 1985
67.3  3.4 68.0  3.2 65.5  3.1 1990
69.1  3.0 68.7  3.0 67.5  2.6 1995
70.9  2.8 70.3  2.8 69.5  2.5 2000
72.4  2.5 71.7  2.6 71.1  2.3 2005
73.3  2.3 72.9  2.5 72.1  1.9 2010
74.3  2.2 73.8  2.4 73.2  1.8 2015
75.2  2.0 74.6  2.3 74.2  1.7 2020
76.0  2.0 75.4  2.2 75.2  1.6 2025
76.8  1.9 76.2  2.1 76.1  1.6 2030
77.6  1.9 76.9  2.1 77.1  1.6 2035
78.4  1.9 77.6  2.0 77.9  1.7 2040
79.1  1.8 78.3  1.9 78.7  1.7 2045
79.8  1.8 79.0  1.9 79.5  1.7 2050
80.5  1.8 79.7  1.9 80.3  1.7 2055
81.1  1.8 80.3  1.8 80.9  1.8 2060
81.7  1.8 80.9  1.8 81.6  1.8 2065
82.3  1.8 81.4  1.8 82.2  1.8 2070
82.8  1.8 82.0  1.7 82.8  1.8 2075
83.3  1.8 82.5  1.7 83.4  1.9 2080
83.8  1.8 83.0  1.7 83.9  1.9 2085
84.3  1.9 83.5  1.8 84.4  1.9 2090
84.7  1.9 83.9  1.8 84.9  1.9 2095
85.1  1.9 84.3  1.8 85.4  1.9 2100", header=T)


require(plotrix)
twoord.stackplot(lx=data$anos, rx=data$anos,
ldata=cbind(data$e0AL, data$e0BR, data$e0CO),
rdata=cbind(data$fxAL, data$fxBR, data$fxCO),
lcol=c("black","red", "blue"),
rcol=c("black","red", "blue"),
ltype=c("l","o","b"),
rtype=c("l","o","b"),
lylab="Años de Vida", rylab="Hijos x Mujer",
xlab="Tiempo",
main="Mortalidad/Fecundidad:1950–2100",
border="grey80")
legend("bottomright", c(paste("Proy:",
c("A. Latina", "Brasil", "Colombia"))), cex=1,
col=c("black","red", "blue"), lwd=2, bty="n",
lty=c(1,1,2), pch=c(NA,1,1) )
小开

另一个类似于@BenBolker 所接受的答案的替代方案是在添加第二组点时重新定义现有图的坐标。

这里有一个最小的例子。

资料:

x  <- 1:10
y1 <- rnorm(10, 100, 20)
y2 <- rnorm(10, 1, 1)

情节:

par(mar=c(5,5,5,5)+0.1, las=1)


plot.new()
plot.window(xlim=range(x), ylim=range(y1))
points(x, y1, col="red", pch=19)
axis(1)
axis(2, col.axis="red")
box()


plot.window(xlim=range(x), ylim=range(y2))
points(x, y2, col="limegreen", pch=19)
axis(4, col.axis="limegreen")


title("my plot", adj=0)
mtext("2nd y axis", side = 4, las=3, line=3, col="limegreen")
mtext("1st y axis", side = 2, las=3, line=3, col="red")

example


提交答案