在R中制作乳胶表的工具

小开

感谢Joris提出这个问题。希望它能成为一个社区维基。

在乳胶的booktabs包产生好看的表格。这是一篇关于如何使用xtable来创建使用书签的乳胶表的博客文章

我还会将apsrtable包添加到组合中，因为它可以生成漂亮的回归表。

另一个想法:其中一些包(特别是memisc和apsrtable)允许简单地扩展代码，为不同的回归对象生成表。问题中显示的lme4 memisc代码就是这样一个例子。开始一个github存储库来收集这样的代码片段可能是有意义的，随着时间的推移，甚至可能将其添加到memisc包中。什么人吗?

小开

我想再提一下“酿造”包。您可以编写一个带有占位符的LaTeX模板文件，然后“酿造”它以创建一个.tex文件，以\include或\input到您的LaTeX中。喜欢的东西:

\begin{tabular}{l l}
A & <%= fit$A %> \\
B & <%= fit$B %> \\
\end{tabular}

brew语法还可以处理循环，因此可以为数据框架的每一行创建一个表行。

小开

我有一些关于xtable和Latex有趣的“特性”的技巧和工作，我将在这里分享。

技巧#1:删除列中的重复项和技巧#2:使用书签

首先，加载包并定义clean函数

<<label=first, include=FALSE, echo=FALSE>>=
library(xtable)
library(plyr)


cleanf <- function(x){
oldx <- c(FALSE, x[-1]==x[-length(x)])
# is the value equal to the previous?
res <- x
res[oldx] <- NA
return(res)}

现在生成一些假数据

data<-data.frame(animal=sample(c("elephant", "dog", "cat", "fish", "snake"), 100,replace=TRUE),
colour=sample(c("red", "blue", "green", "yellow"), 100,replace=TRUE),
size=rnorm(100,mean=500, sd=150),
age=rlnorm(100, meanlog=3, sdlog=0.5))


#generate a table
datatable<-ddply(data, .(animal, colour), function(df) {
return(data.frame(size=mean(df$size), age=mean(df$age)))
})

现在我们可以生成一个表，并使用clean函数删除标签列中的重复项。

cleandata<-datatable
cleandata$animal<-cleanf(cleandata$animal)
cleandata$colour<-cleanf(cleandata$colour)
@

这是一个普通的xtable

<<label=normal, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
xtable(
datatable
),
tabular.environment='longtable',
latex.environments=c("center"),
floating=FALSE,
include.rownames=FALSE
)
@

这是一个普通的xtable，其中一个自定义函数已经将副本转换为NA

<<label=cleandata, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
xtable(
cleandata
),
tabular.environment='longtable',
latex.environments=c("center"),
floating=FALSE,
include.rownames=FALSE
)
@

这个表使用booktab包(并且在头文件中需要一个\usepackage{booktabs})

\begin{table}[!h]
\centering
\caption{table using booktabs.}
\label{tab:mytable}
<<label=booktabs, echo=F,results=tex>>=
mat <- xtable(cleandata,digits=rep(2,ncol(cleandata)+1))
foo<-0:(length(mat$animal))
bar<-foo[!is.na(mat$animal)]
print(mat,
sanitize.text.function = function(x){x},
floating=FALSE,
include.rownames=FALSE,
hline.after=NULL,
add.to.row=list(pos=list(-1,bar,nrow(mat)),
command=c("\\toprule ", "\\midrule ", "\\bottomrule ")))
#could extend this with \cmidrule to have a partial line over
#a sub category column and \addlinespace to add space before a total row
@

小开

．.．和技巧#3在Xtable中多行条目

生成更多数据

moredata<-data.frame(Nominal=c(1:5), n=rep(5,5),
MeanLinBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4),
LinCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""),
MeanQuadBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4),
QuadCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""))


names(moredata)<-c("Nominal", "n","Linear Model \nBias","Linear \nCI", "Quadratic Model \nBias", "Quadratic \nCI")

现在生成我们的xtable，使用sanze函数用正确的Latex换行命令替换列名(包括双反斜杠，这样R就满意了)

<<label=multilinetable, results=tex, echo=FALSE>>=
foo<-xtable(moredata)
align(foo) <- c( rep('c',3),'p{1.8in}','p{2in}','p{1.8in}','p{2in}' )
print(foo,
floating=FALSE,
include.rownames=FALSE,
sanitize.text.function = function(str) {
str<-gsub("\n","\\\\", str, fixed=TRUE)


return(str)
},
sanitize.colnames.function = function(str) {
str<-c("Nominal", "n","\\centering Linear Model\\\\ \\% Bias","\\centering Linear \\\\ 95\\%CI", "\\centering Quadratic Model\\\\ \\%Bias", "\\centering Quadratic \\\\ 95\\%CI \\tabularnewline")
return(str)
})
@

(虽然这并不完美，因为我们需要\tabularnewline来正确格式化表格，Xtable仍然放入一个最终的\，所以我们最终在表头下面有一个空行。)

小开

taRifx包中的两个实用程序可以协同使用，以生成嵌套层次结构的多行表。

library(datasets)
library(taRifx)
library(xtable)


test.by <- bytable(ChickWeight$weight, list( ChickWeight$Chick, ChickWeight$Diet) )
colnames(test.by) <- c('Diet','Chick','Mean Weight')
print(latex.table.by(test.by), include.rownames = FALSE, include.colnames = TRUE, sanitize.text.function = force)
#   then add \usepackage{multirow} to the preamble of your LaTeX document
#   for longtable support, add ,tabular.environment='longtable' to the print command (plus add in ,floating=FALSE), then \usepackage{longtable} to the LaTeX preamble

sample table output

小开

你也可以使用R包micsFuncs中的latextable函数:

http://cran.r-project.org/web/packages/miscFuncs/index.html

latextable(M)，其中M是一个混合字母和数字条目的矩阵，输出一个基本的LaTeX表到屏幕上，可以复制和粘贴到LaTeX文档中。如果有小数字，它也用索引符号替换这些数字(例如1.2x10^{-3})。

小开

另一个用于将多个回归模型聚合到LaTeX表中的R包是texreg。

小开

看星星的人包是另一个不错的选择。它支持来自许多常用函数和包(lm、glm、svyreg、survival、pscl、AER)以及来自zelig的对象。除了回归表，它还可以输出数据帧的汇总统计，或者直接输出数据帧的内容。

在R中制作乳胶表的工具

包:

博客和代码片段

相关问题: