酿造更新失败:未跟踪的工作树文件将被合并覆盖

尝试用brew update更新Homebrew，我得到以下错误

error: The following untracked working tree files would be overwrittenby merge:
Library/Formula/argp-standalone.rb
Library/Formula/cocot.rb
Please move or remove them before you can merge.
Aborting
Updating e088818..5909e2c
Error: Failed while executing git pull  origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master

我发现有人在安装Mountain Lion(我本周也安装了Mountain Lion)后遇到了类似的问题。他解释了如何删除错误消息中提到的文件

I removed these files:
$ cd $(brew --prefix)
$ rm cocot.rb
However, removing these files didn't help with the brew update. Instead I had to manually update brew through git:
$ cd $(brew --prefix)
$ git fetch origin
$ git reset --hard origin/master
$ brew update
Already up-to-date.

假设这些说明是正确的(我可能不应该假设)，我试着按照这些说明去做

    $ cd $(brew --prefix)
$ rm cocot.rb

然而，它说“文件不存在”，当我试图rm cota .rb

我不确定的一件事是cd $(brew --prefix)这些是我键入的确切单词还是我必须用一些东西替换前缀?cd是成功的，所以我假设它是正确的——它将我移动到/usr/local，但没有文件要删除。/usr/local的内容为

Cellar              clamXav             git             mysql               var Library             doc             heroku              mysql-5.5.15-osx10.6-x86_64 README.md           etc             include             rvm bin             foreman             lib             share

无论如何，你知道我如何修复“酿造更新”吗?

更新:根据favoretti的说明删除文件并尝试chown -R <your_username> $(brew --prefix)/.git后，我在运行brew update时得到以下错误

error: The following untracked working tree files would be overwritten by merge:
Library/Aliases/gperftools
Library/Aliases/hashdeep
Library/Aliases/htop
Library/Aliases/nodejs
Library/Aliases/ocio
Library/Aliases/oiio
Library/Aliases/pgrep
Library/Aliases/pkill
Library/Aliases/qt4
Library/Aliases/twolame
Library/Aliases/wxwidgets
Library/Contributions/cmds/brew-aspell-dictionaries
Library/Contributions/cmds/brew-beer.rb
Library/Contributions/cmds/brew-dirty.rb
Library/Contributions/cmds/brew-graph
Library/Contributions/cmds/brew-grep
Library/Contributions/cmds/brew-leaves.rb
Library/Contributions/cmds/brew-linkapps.rb
Library/Contributions/cmds/brew-ls-taps.rb
Library/Contributions/cmds/brew-man
Library/Contributions/cmds/brew-md5-to-sha1
Library/Contributions/cmds/brew-mirror-check.rb
Library/Contributions/cmds/brew-pull.rb
Library/Contributions/cmds/brew-readall.rb
Library/Contributions/cmds/brew-server
Library/Contributions/cmds/brew-services.rb
Library/Contributions/cmds/brew-switch.rb
Library/Contributions/cmds/brew-test-bot.rb
Library/Contributions/cmds/brew-tests.rb
Library/Contributions/cmds/brew-unpack.rb
Library/Contributions/cmds/brew-which.rb
Library/Contributions/cmds/git
Library/Contributions/cmds/svn
Library/ENV/4.3/apr-1-config
Library/ENV/4.3/bsdmake
Library/ENV/4.3/c++
Library/ENV/4.3/c89
Library/ENV/4.3/c99
Library/ENV/4.3/cc
Library/ENV/4.3/clang
Library/ENV/4.3/clang++
Library/ENV/4.3/cpp
Library/ENV/4.3/g++
Library/ENV/4.3/gcc
Library/ENV/4.3/git
Library/ENV/4.3/i686-apple-darwin11-llvm-g++-4.2
Library/ENV/4.3/i686-apple-darwin11-llvm-gcc-4.2
Library/ENV/4.3/ld
Library/ENV/4.3/llvm-g++
Library/ENV/4.3/llvm-g++-4.2
Library/ENV/4.3/llvm-gcc
Library/ENV/4.3/llvm-gcc-4.2
Library/ENV/4.3/make
Library/ENV/4.3/mig
Library/ENV/4.3/sed
Library/ENV/4.3/svn
Library/ENV/4.3/xcrun
Library/ENV/libsuperenv.rb
Library/ENV/pkgconfig/leopard/libcrypto.pc
Library/ENV/pkgconfig/leopard/libcurl.pc
Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libcurl.pc
Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libexslt.pc
Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libxml-2.0.pc
Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libxslt.pc
Library/Formula/abcl.rb
Library/Formula/abcmidi.rb
Library/Formula/aiccu.rb
Library/Formula/akka.rb
Library/Formula/alac.rb
Library/Formula/alure.rb
Library/Formula/appledoc.rb
Library/Formula/arangodb.rb
Library/Formula/argp-standalone.rb
Library/Formula/argtable.rb
Library/Formula/autopano-sift-c.rb
Library/Formula/avian.rb
Library/Formula/avidemux.rb
Library/Formula/avro-cpp.rb
Library/Formula/aws-cloudsearch.rb
Library/Formula/aws-sns-cli.rb
Library/Formula/backupninja.rb
Library/Formula/bact.rb
Library/Formula/bam.rb
Library/Formula/basex.rb
Library/Formula/berkeley-db4.rb
Library/Formula/bind.rb
Library/Formula/blazeblogger.rb
Library/Formula/bochs.rb
Library/Formula/boost149.rb
Library/Formula/bsdconv.rb
Library/Formula/bsdmake.rb
Library/Formula/buildapp.rb
Library/Formula/bup.rb
Library/Formula/byacc.rb
Library/Formula/cadubi.rb
Library/Formula/camellia.rb
Library/Formula/casperjs.rb
Library/Formula/ccextractor.rb
Library/Formula/cconv.rb
Library/Formula/cdo.rb
Library/Formula/cdpr.rb
Library/Formula/cgvg.rb
Library/Formula/checkstyle.rb
Library/Formula/chordii.rb
Library/Formula/chruby.rb
Library/Formula/cifer.rb
Library/Formula/clhep.rb
Library/Formula/cntlm.rb
Library/Formula/cocot.rb
Library/Formula/cogl.rb
Library/Formula/collada-dom.rb
Library/Formula/crash.rb
Library/Formula/crossroads.rb
Library/Formula/crosstool-ng.rb
Library/Formula/css-crush.rb
Library/Formula/csync.rb
Library/Formula/ctemplate.rb
Library/Formula/curlftpfs.rb
Library/Formula/cutter.rb
Library/Formula/cvsutils.rb
Library/Formula/darkstat.rb
Library/Formula/darner.rb
Library/Formula/dart.rb
Library/Formula/dasm.rb
Library/Formula/debianutils.rb
Library/Formula/dfc.rb
Library/Formula/dgtal.rb
Library/Formula/dhcping.rb
Library/Formula/di.rb
Library/Formula/dmtx-utils.rb
Library/Formula/drip.rb
Library/Formula/dsniff.rb
Library/Fo
Aborting
Updating e088818..c1fbc29
Error: Failed while executing git pull  origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master
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您需要完成以下操作:

cd $(brew --prefix)
rm Library/Formula/argp-standalone.rb
rm Library/Formula/cocot.rb

然后做

git fetch origin
git reset --hard origin/master
brew update

基本上，为了解释得更清楚一点:

cd $(brew --prefix)

告诉cd将目录更改为brew --prefix将输出的任何目录。 如果你尝试执行brew --prefix命令，你应该看到如下行:

brew --prefix
/usr/local
因此，在这种情况下，该命令相当于cd /usr/local。 较新的brew版本在其安装前缀和Library/Formula/下有公式，所以这就是你需要寻找那些过时/更改的文件的地方

请注意，如果您自己出于特定原因(如固定某个版本)更改了这些公式，此操作将使它们恢复到默认值，并可能产生不想要的效果。

@TedPennings在评论中指出，这对他来说很有效，但他的顺序是:

  1. 把所有东西都切成my_username:admin，即sudo chown -R ted:admin $(brew --prefix)
  2. 运行上面的两个git命令，git fetch origin和git reset --hard origin/master
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最佳答案 
cd $(brew --prefix)
git reset --hard HEAD
brew update
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我有一个类似的问题，我的brew包库被下载作为根用户，然后我不能运行brew更新，因为git会抱怨不能合并文件。

解决办法是:-

sudo chown -R <user> /usr/local/Library
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我能够通过在这些路径上添加管理组写(和setgid位)权限来解决这个问题:

sudo chmod -R g+ws /usr/local /Library/Caches/Homebrew

s在执行时设置组id，以便下次不同的管理用户更新或升级Homebrew时不会丢失写权限。

这个答案有点不完整，因为当我尝试执行brew cleanup --force时，当Homebrew尝试删除/usr/local/ cellar /中的内容时，存在权限问题。(不幸的是，我目前无法进一步调查这个问题。)

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如果你不介意放弃对公式的潜在修改，重置brew存储库应该是最有效的方法:

$ cd `brew --prefix`
$ git fetch origin
$ git reset --hard origin/master
$ brew cleanup --force
$ brew update
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这是由update代码中的一个旧错误引起的，该错误早已被修复。然而，该漏洞的性质要求您执行以下操作:

cd $(brew --repository)
git reset --hard FETCH_HEAD

如果brew doctor仍然抱怨未提交的修改，也运行这个命令:

cd $(brew --repository)
git clean -fd
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另一个选项是只使用git stash。

brew update命令执行git pull，因此如果有任何更改的文件(甚至文件属性，当我递归地更改目录中的权限时发生在我身上)，您必须以某种方式修复冲突。使用git stash是一种方法;它接受任何更改并将它们放在一边，以便您有效地恢复到最后更新的回购版本。Homebrew的“位置”默认为/usr/local，它安装为git存储库。你可以自己去找.git文件夹。我正在写一个自制卸载脚本张贴在我的GitHub个人资料很快与更多的信息。

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$ cd $(brew --prefix)
$ git clean -fd
$ git reset --hard
$ sudo chown -R `whoami` `brew --prefix`
$ brew update

注意:步骤2&3对我有用，因为在我得到错误之前，我在4之前做了步骤5。在更改文件夹所有者之前的酿造更新导致了整个问题。

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这篇文章帮助我更新到El Capitan后。在我的例子中，chown没有工作(“zsh:命令未找到:chown”)，所以第1步是将这一行添加到我的.zshrc:

export PATH="$PATH:/usr/sbin"

我已经尝试了上面几个更流行的答案，所以我非常确定，当我从博客文章中粘贴关键命令时，git status已经干净了:

sudo chown $(whoami):admin /usr/local && sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local

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sudo chown -R USER /usr/local/bin

注意-用户使用命令，即您的用户名

sudo brew doctor
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这应该有用。

1. cd `brew --prefix`
2. git fetch origin
3. git reset --hard origin/master
4. sudo brew update
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这种方法可能比其他方法更简单。它包括:

  • 修复了一个git问题，这样您就可以再次委托管理更改了。
  • 不需要手动移动文件或目录。
  • 不需要手动调整文件或目录权限。

步骤(需要解释的人可以做笔记):

cd $(brew --repository)                              // see Note 1 below
git remote add brew https://github.com/Homebrew/brew // see Note 2 below
git pull brew master                                 // promising fast-forward report!
brew update                                          // see Note 3 below
< p >概述:< br > 据我所知，这个问题的实际原因是回购url的变化。它现在是brew，以前是brew.git。(完整的最新url: https://github.com/Homebrew/brew)

注意1:第一个命令将您从文件结构中的任何位置引导到正确的目录。对我来说，目录结构与上面显示的其他目录(Mac OS 10.11.16)不同，但是使用这个命令，这些差异应该无关紧要。

注意2:第二个命令将正确的远程url添加到新的别名;我这样做只是为了防止这种方法没有达到我想要的效果，我又需要以前的地址。由于新的远程工作，我将邀请其他人对简单地更改url以起源为别名进行评论。我将很高兴地更新答案，以反映对您有效的方法。

注意3:这个第四个命令得到了理想的结果:它报告了大量的更新，包括特别漂亮的报告“==> migrate HOMEBREW_REPOSITORY to /usr/ localhome brew!”(并强调了这一点)。


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