删除索引重复的熊猫行

如何删除重复索引值的行?

在下面的天气数据框架中,有时科学家会回过头来纠正观测结果——不是通过编辑错误的行,而是通过在文件末尾追加重复的行。

我正在从网上阅读一些自动的天气数据(观测每5分钟发生一次,并编译成每个气象站的月度文件)。解析完一个文件后,DataFrame看起来像这样:

                      Sta  Precip1hr  Precip5min  Temp  DewPnt  WindSpd  WindDir  AtmPress
Date
2001-01-01 00:00:00  KPDX          0           0     4       3        0        0     30.31
2001-01-01 00:05:00  KPDX          0           0     4       3        0        0     30.30
2001-01-01 00:10:00  KPDX          0           0     4       3        4       80     30.30
2001-01-01 00:15:00  KPDX          0           0     3       2        5       90     30.30
2001-01-01 00:20:00  KPDX          0           0     3       2       10      110     30.28

重复的例子:

import pandas
import datetime


startdate = datetime.datetime(2001, 1, 1, 0, 0)
enddate = datetime.datetime(2001, 1, 1, 5, 0)
index = pandas.DatetimeIndex(start=startdate, end=enddate, freq='H')
data1 = {'A' : range(6), 'B' : range(6)}
data2 = {'A' : [20, -30, 40], 'B' : [-50, 60, -70]}
df1 = pandas.DataFrame(data=data1, index=index)
df2 = pandas.DataFrame(data=data2, index=index[:3])
df3 = df2.append(df1)


df3
A   B
2001-01-01 00:00:00   20 -50
2001-01-01 01:00:00  -30  60
2001-01-01 02:00:00   40 -70
2001-01-01 03:00:00    3   3
2001-01-01 04:00:00    4   4
2001-01-01 05:00:00    5   5
2001-01-01 00:00:00    0   0
2001-01-01 01:00:00    1   1
2001-01-01 02:00:00    2   2

因此,我需要df3最终变成:

                       A   B
2001-01-01 00:00:00    0   0
2001-01-01 01:00:00    1   1
2001-01-01 02:00:00    2   2
2001-01-01 03:00:00    3   3
2001-01-01 04:00:00    4   4
2001-01-01 05:00:00    5   5

我认为添加一列行号(df3['rownum'] = range(df3.shape[0]))将帮助我为DatetimeIndex的任何值选择最底部的行,但我被困在计算group_bypivot(或??)语句使其工作。

400670 次浏览

哦,我的。这其实很简单!

grouped = df3.groupby(level=0)
df4 = grouped.last()
df4
A   B  rownum


2001-01-01 00:00:00   0   0       6
2001-01-01 01:00:00   1   1       7
2001-01-01 02:00:00   2   2       8
2001-01-01 03:00:00   3   3       3
2001-01-01 04:00:00   4   4       4
2001-01-01 05:00:00   5   5       5

Follow up edit 2013-10-29 在我有一个相当复杂的MultiIndex的情况下,我想我更喜欢groupby方法。下面是一个简单的例子:

import numpy as np
import pandas


# fake index
idx = pandas.MultiIndex.from_tuples([('a', letter) for letter in list('abcde')])


# random data + naming the index levels
df1 = pandas.DataFrame(np.random.normal(size=(5,2)), index=idx, columns=['colA', 'colB'])
df1.index.names = ['iA', 'iB']


# artificially append some duplicate data
df1 = df1.append(df1.select(lambda idx: idx[1] in ['c', 'e']))
df1
#           colA      colB
#iA iB
#a  a  -1.297535  0.691787
#   b  -1.688411  0.404430
#   c   0.275806 -0.078871
#   d  -0.509815 -0.220326
#   e  -0.066680  0.607233
#   c   0.275806 -0.078871  # <--- dup 1
#   e  -0.066680  0.607233  # <--- dup 2

这是最重要的部分

# group the data, using df1.index.names tells pandas to look at the entire index
groups = df1.groupby(level=df1.index.names)
groups.last() # or .first()
#           colA      colB
#iA iB
#a  a  -1.297535  0.691787
#   b  -1.688411  0.404430
#   c   0.275806 -0.078871
#   d  -0.509815 -0.220326
#   e  -0.066680  0.607233

这将把索引添加为DataFrame列,删除重复项,然后删除新列:

df = (df.reset_index()
.drop_duplicates(subset='index', keep='last')
.set_index('index').sort_index())

注意,在后面使用.sort_index()是必要的,是可选的。

不幸的是,我不认为熊猫允许一个下降的指数。我建议如下:

df3 = df3.reset_index() # makes date column part of your data
df3.columns = ['timestamp','A','B','rownum'] # set names
df3 = df3.drop_duplicates('timestamp',take_last=True).set_index('timestamp') #done!

我建议对Pandas索引本身使用复制方法:

df3 = df3[~df3.index.duplicated(keep='first')]

虽然所有其他方法都可以工作,但.drop_duplicates对于所提供的示例来说是迄今为止性能最差的。此外,虽然groupby方法的性能略差,但我发现复制的方法更具可读性。

使用提供的示例数据:

>>> %timeit df3.reset_index().drop_duplicates(subset='index', keep='first').set_index('index')
1000 loops, best of 3: 1.54 ms per loop


>>> %timeit df3.groupby(df3.index).first()
1000 loops, best of 3: 580 µs per loop


>>> %timeit df3[~df3.index.duplicated(keep='first')]
1000 loops, best of 3: 307 µs per loop

注意,可以通过将keep参数更改为'last'来保留最后一个元素。

还应该注意,此方法也适用于MultiIndex(使用保罗的例子中指定的df1):

>>> %timeit df1.groupby(level=df1.index.names).last()
1000 loops, best of 3: 771 µs per loop


>>> %timeit df1[~df1.index.duplicated(keep='last')]
1000 loops, best of 3: 365 µs per loop

如果有人像我一样喜欢使用熊猫点符号(比如管道)进行可链数据操作,那么下面的代码可能会有用:

df3 = df3.query('~index.duplicated()')

这使得链接语句像这样:

df3.assign(C=2).query('~index.duplicated()').mean()

删除重复的(保留优先)

idx = np.unique( df.index.values, return_index = True )[1]
df = df.iloc[idx]

删除重复文件(保留最后)

df = df[::-1]
df = df.iloc[ np.unique( df.index.values, return_index = True )[1] ]

测试:使用OP的数据进行10k循环

numpy method - 3.03 seconds
df.loc[~df.index.duplicated(keep='first')] - 4.43 seconds
df.groupby(df.index).first() - 21 seconds
reset_index() method - 29 seconds

我遇到过同样的错误,在深入每个df之后,发现其中一个有2列具有相同的名称,你提到你删除了一些列,这可能是一个原因。